רשות המסים בישראל, פרסמה הבהרה בעניין מיסוי המלגות לסטודנטים וחוקרים הלומדים או מבצעים מחקרים במוסדות אקדמיים הנהנים לעיתים מקבל כספים (באופן ישיר או בדרך של הפחתת שכר הלימוד וכו') מהמוסד האקדמי או המחקרי.

ככלל ניתן לחלק את המלגות לשלוש קבוצות :

1. מלגות הצטיינות/מצב סוציו-אקונומי : מלגות הניתנות כתשלום כספי ישיר או באמצעות השתתפות בשכר בלימוד, הפחתת שכר הלימוד וכו', זאת בגין השגת הישגים אקדמיים או מחקריים גבוהים גרידא או בגין ביצוע פעילות התנדבותית(כגון חונכות ילדים במשפחות קשיי יום, עזרה לקשישים וכיוצ'). וכן , מלגות הניתנות לסטודנטים המצויים במצב סוציו-אקונומי אשר מקשה עליהם את תשלומי שכר הלימוד. לגבי המלגות מסוג זה מוסכם על רשום המיסים כי הן אינן באות בבסיס המס שכן מלגות אלו ניתנו כהוקרה מבלי שישנה התחייבות של המקבל ליתן תמורה או שירות בהווה ובעתיד.
2. מלגות בגין מתן שירות: מלגות הניתנות לסטודנטים או חוקרים בתמורה למתן שירות בדמות של : הוראה במוסד אקדמאי/ מחקרי או מטעמו, תרגול במוסד האקדמי/ המחקרי או מטעמו, וכו'. לגבי המלגות מסוג זה קיימת הסכמה (אשר התקבלה גם על דעת מרבית המוסדות האקדמיים והמחקריים) כי במקום בו המלגנ ניתנת בתמורה למתן שירות למוסד אקדמאי/מחקרי או למי מטעמן, בצורה של שירותי הוראה, תרגול , בדיקת מבחנים ועבודות וכו'. במקרים אלו התשלומים שנרשמו כמלגות מוסו כשר עבודה לכל דבר ועניין.
3. מלגות קיום: מלגות הניתנות לסטודנטים (בעיקר בתארים שני ושלישי) ולחוקרים, זאת לשם כלכלתם וקיומם בתקופת הלימודים או ביצוע מחקר, זאת על מנת שיוכלו להתפנות ולהפנות את מלו אמרם, שמנם ומשאבים ללימוד או למחקר האקדמי. במקרים אלו הייתה מחלוקת האם יש מקום למסות מלגות כאמור, כאשר שכן יש לראות בביצוע המחקר כתמורה הניתנת ע"י הסטודנט/ החוקר למוסד אקדמאי/ המחקרי עבור המחקר אותו הוא מבצע , בדומה לתשלום או תגמול אחר הניתן לחוקר המבצע מחקר במוסד שאינו מוסד אקדמאי או מוסד מחקרי.

ביום 3.3.10, התפרסם תיקון 175 לפקודת מס הכנסה ותיקון מס' 38 לחוק מס ערך מוסף, התשל"ו-1975. מטרת התיקון הייתה להסדיר את נושא מיסוי מלגות הקיום והוא העניק פטור ממס הכנסה לסטודנטים וחוקרים בגין קבלת מלגה בתקופת הלימודים או בתקופת המחקר. כמו כן, נקבע בתיקון עקיף לחוק מע"מ כי מלגה כאמור לא תיחשב כשכר ולפיכך לא ישולם בגינה ע"י המוסד המשלם מס שכר.

בהתאם לתיקון נקבע כי :

• מלגה אשר ניתנה לסטודנט בתקופת לימודיו במוסד להשכלה גבוה תהיה פטורה ממס , זאת ללא הגבלת סכום.
• מלגה שניתנה לחוקר במהלך לימודיו במכון מחקר תהיה פטורה ממס עד לסך של 90,000 ש"ח.

במסגרת תיקון 175 לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש] הושמטה בלי משים הבחנה כי "מלגה" פטורה בהתאם לסעיף הינה אך ורק מלגה אשר משולמת לסטודנט/ חוקר ע"י המוסד האקדמי או המחקרי במישרין או בעקיפין.

בהצעת חוק המדיניות הכלכלית לשנים 2011-2012 (תיקוני חקיקה), התש"ש-2010 מופיע פרק במסים תיקון, כך שיובהר כי משלם המלגה הינו המוסד האקדמי או המחקרי.

מטרת ההבהרה הינה למנוע שימוש לרעה בפטור שניתן כדי למנוע הרחבתו גם לגבי תשלומים המשולמים ע"י גופים אחרים חלף שכר.

יודגש כי לשינוי המוצע אין כל השפעה על מלגות הצטיינות או מלגות בשל מצב סוציו-אקונומי הניתנות בגין השגת הישגים אקדמיים או מחקריים גבוהים גרידא או בגין ביצוע פעולות התנדבותיות (כגון חונכות ילדים ממשפחות קשיי יום, עזרה לקשישים וכיוצ') וכן, מלגות הניתנות לסטודנטים המצויים במצב סוציו-אקונומי אשר מקשה עליהם את תשלומי שכר הלימוד, אשר כאמור אינן חייבות במס.