ביום 25.8.10, ניתן בבית המשפט העליון דנ"א 2234/09 ראדקו אינבסטמנט לימיטיד נ' מנהל מס ערך מוסף . בית המשפט דן בשלוש עתירות לדיון נוסף בפסק דין שניתן בעניין ניכוי מס תשומות ששולם בגין עבודות פיתוח שנעשו על ידי חברות כלכליות עירוניות (ע"א 6014/04) וקובע כי כאשר התשלום נעשה עבור ביצוע עבודות פיתוח בשטחים ציבוריים העוברים לרשות הרשות המקומית לא ניתן לנכות מס תשומות בגינו, אך אם התשלום מבוצע עבור עבודות פיתוח בשטחים הפרטיים של רוכשי המגרשים ניתן להכיר במס התשומות בגינו. הכול ללא קשר לשאלה האם התשלומים שולמו ישירות לעירייה ובין אם לחברה הכלכלית שלה ואף אם אין היטלי ואגרות פיתוח מקומית, כדלקמן:

1. בית המשפט העליון דן בשלוש עתירות לדיון נוסף בפסק דין שניתן בע"א 6014/04 אשר בו קיבל בית המשפט העליון את ערעור מנהל מס ערך מוסף - אשדוד ומנהל מס ערך מוסף ירושלים (להלן: "המשיבים") וקבע כי העותרות אינן זכאיות לנכות את המע"מ ששילמו בגין הוצאות פיתוח מגרשים שרכשו וששולמו לחברות עירוניות.
2. העותרות הן יזמות מקרקעין, וכן בעלות זכויות במקרקעין מסוימים בתחום העיר אשקלון. לצורך ביצוע עבודות פיתוח ותשתיות בקרקעות שבבעלותן, התקשרו העותרות בהסכם עם החברה הכלכלית לאשקלון בע"מ (להלן: "החברה הכלכלית"), שהיא תאגיד בבעלות מוניציפאלית (להלן: "ההסכם או החוזה" ).
3. החברה הכלכלית סיפקה לעותרות שירותי פיתוח והקמה של תשתיות מסוגים שונים. עוד הוסכם, כי אחוז מסוים מסכום התמורה הכולל ייחשב כ"חלף אגרות והיטלים", וכי בגין העברת סכום זה ייהנו העותרות מפטור מאגרת הפיתוח. בגין סכום זה הוציאה החברה הכלכלית חשבונית מס לעיריית אשקלון. יתרת הסכום הוגדרה כ"מעבר לחלף אגרות והיטלים", ובעבורו הוציאה החברה הכלכלית חשבונית מס לפקודת העותרות. עבור חלק זה, אשר הוגדר כ-"מעבר לחלף אגרות והיטלים", ביקשו העותרות לנכות מס תשומות אלא, שהמנהל לא הכיר בניכוי מס תשומות זה.
4. בית המשפט העליון בחן את העסקאות שנרקמו בין העותרות לבין החברה הכלכלית במקרה שלפנינו, וקבע כי יש להבין אותן באופן הבא: במקום לומר שהעותרות העבירו לחברה הכלכלית תשלום באופן ישיר, ניתן לראות זאת כאילו העותרות שילמו את התמורה כולה לעירייה, בדמותם של אגרות והיטלי פיתוח. זו האחרונה העבירה את התמורה אל החברה הכלכלית, בדמותו של תשלום בעבור שירותי הפיתוח.
5. כאשר מבקש בעל קרקע לבצע עבודות בניה, נדרש הוא לשלם לרשות המוניציפאלית אגרות והיטלי פיתוח בגין ביצוע עבודות תשתית בקרקע. במצב זה, בעל הקרקע משלם לעירייה אגרה, והעירייה משלמת לקבלן-המבצע עבור ביצוע עבודות הפיתוח. מאחר ובגין אגרות והיטלים לא ניתן לנכות מס תשומות, לא יכול בעל הקרקע לנכות מס תשומות בגין האגרה ששילם. במקרה דנן נקבע כי יש לראות בתשלומים הנוספים לחברה הכלכלית כשווים לאגרות והיטלי הפיתוח בהם נדרשו העותרות ולכן אין להתיר ניכוי מס תשומות בגין כל התמורה ששולמה במסגרת העסקה.
6. בית המשפט קובע כי "על רקע אופיים הציבורי של עבודות הפיתוח, והעובדה שמדובר בפעילות אשר האחריות לביצועה מוטלת על כתפיה של הרשות המקומית, הרי שיש לומר כי עבודות אלו מבוצעות על ידי התאגיד העירוני כשירות עבור הרשות המקומית", ולא עבור העותרות או צורכיהן העסקיים".
7. בפסק הדין נקבע כי שיעור האגרות וההיטלים הקבוע בחוקי העזר אינו יכול לשמש אינדיקציה יש לאפשר לעותרות לנכות מס תשומות בגין ההפרש. למרות שבמקרה דנן מדובר בסכום שהינו מעבר לסכום האגרות והיטלי הפיתוח בו חייב היזם אין בכך, כדי להוביל למסקנה לפיה מדובר בתשלום בגין רכיבים בעבודות הפיתוח המשקפים סטנדרט גבוה מהרגיל, זאת מן הטעם שייתכן שהרשות המקומית לא התקינה כלל חוקי עזר בתחום או לחלופין לא עדכנה את הסכומים הנזכרים בהם.
8. פסק הדין אינו שולל באופן גורף את האפשרות להפריד בין הוצאות ציבוריות – המבוצעות כשירות לעירייה, לבין הוצאות פרטיות – המבוצעות למען הקבלן, וממילא אין הוא שולל לחלוטין את האפשרות לנכות, במקרים המתאימים, מס תשומות במסגרת עסקה עם תאגיד עירוני.
9. ההפרדה בין סוגי ההוצאות השונים היא שאלה ראייתית. אין לשלול את אפשרות ההפרדה בין עבודות תשתית ציבוריות המתחייבות, לבין עבודות תשתית נוספות המבוצעות באופן פרטי אשר יוכרו לצורך ניכוי מס תשומות. במקרים מסוימים, עשויה החברה הכלכלית לפעול בכובעה כגוף מוניציפאלי, כשלוחתה של הרשות המקימה אותה, ולבצע עבודות תשתיות ציבוריות בסיסיות. אך במקרים אחרים יכולה היא לפעול בכובעה כגוף עסקי-פרטי, ולהתקשר עם בעל-הקרקע בעסקה לביצוע עבודות נוספות, פרטיות. עצם העובדה ששני הכובעים מונחים על ראש אחד אין בה – כשלעצמה – ללמד כי מדובר בעסקה אחת.
10. המנהל עצמו ציין כי "אין צורך לומר שהעיריות/רשויות מקומיות רשאיות לגבות אגרות והיטלים אך ורק בגין תשתיות מוניציפאליות, והן אינן רשאיות לעשות כן לגבי עבודות 'פרטיות' המבוצעות עבור יזמים פרטיים". משכך, מקום בו אכן תונח תשתית ראייתית מספקת לקיומן של עבודות פרטיות-עסקיות - יתאפשר ניכוי מס תשומות בגין התשלום עבור עבודות אלה.